1907 kehrt Merzbacher noch einmal für etliche Monate ins Tien Shan zurück. Es ist seine letzte Forschungsreise, über die er zahlreiche wissenschaftlich Beiträge verfasst. Sie bringen ihm eine Ehren-Professur ein.
Nach dem ersten Weltkrieg gerät der Privatgelehrte in erhebliche finanzielle Schwierigkeiten. Merzbacher verkauft Anfang der 1920er Jahre seine tausende Bücher umfassende Bibliothek an den bayrischen Staat. Im Gegenzug erhält der gesundheitlich angeschlagene Mann eine Leibrente. Am 14. April 1926 stirbt der gebürtige Franke mit 82 Jahren nach kurzer Krankheit in München. Unter großer Anteilnahme wird er beerdigt.
In der Zeit des Nationalsozialismus gerät das Vermächtnis des jüdischen Forschers allerdings in Vergessenheit. Große Teile seiner Sammlungen gehen verloren.
Erbe fast vergessen
Auch in den Nachkriegsjahren erinnert nur wenig an Merzbachers Lebenswerk. Erst Ende des 20. Jahrhunderts setzt eine Rückbesinnung ein. Man erinnert sich, dass jener Eissee am Khan Tengri nach Merzbacher benannt ist, ebenso eine nahgelegene Wiese. 2009 haben das Potsdamer Klimafolgenforschungs-Institut und internationale Partner in Kirgistan schließlich die Merzbacher-Forschungsstation errichtet. Dem Erbe des Alpinisten verpflichtet, der seine Tätigkeiten immer mit selbstkritischer Distanz betrachtet hat. „Denn die Reiselust hat meine wissenschaftliche Darlegung beeinträchtigt.“
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